Idyllę przerwały tylko komunikaty mediów donoszące o kłopotach Eddiego Van Halen z alkoholem i narkotykami. Po ukończeniu nagrań do filmu Twister oraz albumu The Best Of, zespół ponownie został bez wokalisty, gdyż z ponownej współpracy z Rothem nic nie wyszło. mały|Eddie Van Halen podczas Emmy Awards (1993) W 1997 do zespołu dołączył wokalista grupy Extreme, Gary Cherone. Cherone to postać zdecydowanie odmienna od Rotha i Hagara. Przejawia się to w albumie Van Halen 3, trudnym w odbiorze. W 1999 Cherone odszedł z zespołu.
W kwietniu 2004 wokalistą ponownie został Sammy Hagar, aby ponownie odejść w 2006. Eddie Van Halen i Sammy Hagar przez kolejne lata nie pałali do siebie sympatią, ale jak przyznał Hagar, przed śmiercią Eddiego zdążyli się pogodzić.
Na trasy koncertowe w 2007 powrócił David Lee Roth. W marcu 2007 Eddie Van Halen udał się na odwyk alkoholowy, który trwał do maja 2007. Zmienił się całkowicie jego wygląd – obciął włosy, zafarbował je na blond, opalił się. W fanach na całym świecie znów odżyła nadzieja na udany powrót Van Halen. Legendarny zespół powrócił na scenę wraz z nowym basistą Wolfgangiem (synem Eddiego) oraz pierwotnym wokalistą, Rothem.