Na wieść o odkryciu Oceanu Spokojnego i opowieściach o bogactwach Inków, które zebrał on od tubylców, zmieniono jednak zdanie i mianowano odkrywcę godnością adelantado, oraz urzędem kapitana generalnego Panamy i Coiby. Współpraca między Balboą a jego nowym przełożonym – Pedrem Ariasem nie układała się jednak najlepiej i w 1519 roku odkrywca Pacyfiku został oskarżony o zdradę i ścięty po prowizorycznym procesie.
thumb|Audiencja Panamy w składzie Wicekrólestwa Peru, oznaczona numerem 1 Balboa podzielił terytorium panamskie na prowincje Złota Kastylia i Nowa Andaluzja. W 1538 roku utworzono w Panamie audiencję, która w 1543 roku weszła w skład Wicekrólestwa Peru. W 1717 roku Audiencja Panamy weszła w skład Wicekrólestwa Nowej Granady. Audiencje Panamy włączono do Audiencji w Bogocie w 1750 roku. Jej terytorium zostało podzielono na dwie prowincje – Panamę z około 50 tysiącami mieszkańców i Veraguas z około 30 tysiącami mieszkańców. Pod koniec XVIII wieku obie prowincje zamieszkiwało w sumie 72 tysiące mieszkańców.