Z 250 tysięcy dolarów zapłaconych Kolumbii za ziemie i prawa do prowadzenia linii kolejowej, do Panamczyków trafiło jedynie 25 tysięcy. Dalszy spadek nastrojów biedoty nastąpił w czasie reżimu Rafaela Núñeza, który zwiększył podatki w całym państwie. Wywołało to w 1885 roku niezależne bunty pod wodzą dwóch panamskich Mulatów – Rafaela Aizpuru i Pedra Prestána. Zdobyli oni miasta Panamę i Colón, zostali jednak pokonani przez współdziałające siły Kolumbii i Stanów Zjednoczonych.
thumb|Egzekucja Victoriana Lorenzo w mieście Panama W poprzednich zrywach uczestniczyli głównie biedni, kolorowi robotnicy. Kupcy i właściciele ziemscy potrafili zrekompensować sobie niedogodności wynikające z centralistycznych zapędów Kolumbii poprzez duże zyski wynikające z budowy Kanału Panamskiego. Zmiana ich nastrojów nastąpiła w roku 1889, kiedy to upadł francuski projekt połączenia dwóch oceanów. Panamscy nacjonaliści chwycili za broń w trakcie wojny tysiąca dni – kolumbijskiej wojny domowej toczącej się w latach 1899–1902. Pod wodzą Bellisaria Porrasa walczyli oni przeciwko Kolumbijczykom od lipca 1900 do września 1902 roku. Decyzja o zaprzestaniu walki nie została zaakceptowana przez wszystkich z walczących. Część biedoty wiejskiej kontynuowała walkę pod wodzą Victoriana Lorenzo – Indianina z plemienia Guayami.