W sezonie 2005/06 łowiczanie wywalczyli drugie miejsce, ale w barażach o II ligę zmierzyli się z Podbeskidziem Bielsko-Biała remisując u siebie 1:1 i przegrywając na wyjeździe 2:5 (w 82. minucie przy wyniku 2:2 zawodnik Pelikana nie wykorzystał rzutu karnego). W kolejnym sezonie łowiczanie znowu zajęli drugie miejsce, a barażach zespół trenera Jacka Cyzio pokonał Kmitę Zabierzów 2:0 (br.: Radosław Kowalczyk 20 i 50) i przegrał na wyjeździe 2:3 (br.: Kowalczyk 34 i Maciej Wyszogrodzki 90+3). W ten sposób Pelikan odniósł historyczny sukces awansując do II ligi.
Sukcesy 3. miejsce w II lidze grupie wschodniej: 2012/13 1/16 finału Pucharu Polski
Poprzednie sezony 1990/1991: 14. miejsce w III lidze 1991/1992: 4. miejsce w III lidze 1992/1993: 5. miejsce w III lidze 1993/1994: 8. miejsce w III lidze 1994/1995: 6. miejsce w III lidze 1995/1996: 6. miejsce w III lidze 1996/1997: 9. miejsce w III lidze 1997/1998: 5. miejsce w III lidze 1998/1999: 11. miejsce w III lidze 1999/2000: 6. miejsce w III lidze 2000/2001: 9. miejsce w III lidze 2001/2002: 5. miejsce w III lidze 2002/2003: 5. miejsce w III lidze 2003/2004: 13. miejsce w III lidze 2004/2005: 6. miejsce w III lidze 2005/2006: 2. miejsce w III lidze, porażka w barażach o II ligę 2006/2007: 2.