W wyniku inwazji napoleońskiej Francji na Państwo Kościelne w 1808 trybunał w Fermo na kilkanaście lat uległ faktycznej likwidacji. Inkwizytor Giuseppe Vincenzo Bussi został wygnany, a konwent dominikanów w Fermo został rozwiązany na mocy dekretu Napoleona jako króla Włoch z 25 kwietnia 1810. Jednak po odnowieniu Państwa Kościelnego (1815) działalność inkwizycji w Fermo została wznowiona w grudniu 1824 i trwała aż do aneksji Marchii Ankońskiej przez Królestwo Sardynii w 1860. Władze sardyńskie zniosły inkwizycję w tej prowincji na mocy dekretu z 27 września 1860.
Organizacja Siedzibą inkwizycji był konwent S. Domenico w Fermo. Na czele trybunału stał zawsze inkwizytor wywodzący się z lombardzkiej prowincji zakonu dominikanów. Jego jurysdykcji podlegały diecezje Fermo, Montalto, S. Severino Marche i Ripatransone.