Starsza literatura powszechna podawała, że najczęstszą przyczyną łupieżu jest drożdżak Malassezia furfur, występujący naturalnie na skórze ludzkiej zarówno zdrowej, jak i z łupieżem. Później odkryto, że głównym czynnikiem przyczyniającym się do powstania łupieżu jest grzyb specyficzny dla skóry głowy, Malassezia globosa.
Na skórze z łupieżem grzyby z tego gatunku namnażają się dużo szybciej, zaburzając równowagę mikrobiomu. Ponieważ potrzebują do tego odpowiednich warunków tłuszczowych, zwykle problem pojawia się w momencie wzmożonego przetłuszczania się skóry głowy. Malassezia żywi się trójglicerydami obecnymi na skórze głowy – uwolnione w ten sposób kwasy tłuszczowe zaczynają podrażniać skórę, a skutkiem jest jej nadmierne łuszczenie się i stan zapalny.
Choć łupież w dużym stopniu jest uwarunkowany genetycznie, coraz więcej mówi się o wpływie ekspozomu, a więc różnych czynników wewnętrznych i zewnętrznych na jego powstawanie.