Podczas II wojny światowej i trwającej okupacji niemieckiej nadal posiadał dobra w JurowcachW ówczesnej ewidencji niemieckiej figurował jako „Stanislaus Słonecki”. . W grudniu 1943 został skazany przez komisję sądzącą Armii Krajowej na karę infamii za rzekome niezłożenie kontyngentu na rzecz AK oraz za „współżycie z Niemcami i negatywny stosunek do działań niepodległościowych” (o jego napiętnowaniu za służalczość napisał w swoich wspomnieniach Jan Radożycki). Wkrótce potem 9 marca 1944 komendant Obwodu AK Sanok mjr Adam Winogrodzki ps. „Korwin” wnioskował o karę chłosty dla S. Słoneckiego oraz zarządcy okolicznego majątku Kostarowce, rtm. Stefana Pajączkowskiego za rzekome sabotowanie prac niepodległościowych i podkopywanie autorytetu dowódców AK w terenie. Później okręgowy delegat rządu w Krakowie, Jan Jakóbiec uznał wyrok infamii wydany na Słoneckiego za niesłuszny, jako że ukarany nie był w stanie przekazać kontyngentu z uwagi na obserwowanie go przez miejscowych Ukraińców, a ponadto stwierdzono, że w przeciwieństwie do wysuwanych przeciw niemu oskarżeń, przekazywał na rzecz AK kwoty pieniężne. Niepochlebnie o Stanisławie Słoneckim wyrazili się we wspomnieniach ppor.