Dzieje inkwizycji papieskiej na Bałkanach obejmują okres ponad 300 lat, od XIII do końca XVI wieku. Ta kościelna instytucja powołana przez papieża Grzegorza IX do walki z herezjami prawdopodobnie nie rozwinęła w tym regionie działalności na większą skalę, choć z drugiej strony zachowało się bardzo niewiele źródeł dotyczących tej działalności, gdyż większość uległa zniszczeniu w okresie okupacji tureckiej i w epoce wojen napoleońskichWysokiński, s. 174-175, 192-193; Ferrarius, s. 424..
Geneza Półwysep Bałkański był jednym z głównych centrów herezji katarskiej, której wyznawców nazywano tam krstjanami, bogomiłami lub patarenamiRunciman, s. 125 i nast.. Szczególnie dużą liczbę wyznawców herezja miała wśród Słowian zamieszkujących ten półwysep, a ich głównym ośrodkiem była BośniaWysokiński, s. 176-177; Lea, s. 290-291; Runciman, s. 133 i nast.. Od końca XI wieku północna część Bałkanów znalazła się w orbicie wpływów katolickiego królestwa Węgier. Chorwacja od 1102 była połączona unią personalną z Węgrami, a ziemie serbskie i bośniackie częściowo również znalazły się pod władzą Węgier. Począwszy od pontyfikatu Innocentego III (1198–1216) Stolica Apostolska zaczęła naciskać na władców oraz biskupów węgierskich i dalmackich, by podjęli zdecydowane kroki w celu wykorzenienia herezjiLea, s. 291 i nast.; Runciman, s.