Wraz z utworzeniem w połowie XVI wieku inkwizycji rzymskiej (1542), w wielu regionach franciszkanie stopniowo tracili uprawnienia inkwizytorskie na rzecz dominikanów. W Dalmacji w 1578 utworzony został trybunał inkwizycji w Zadarze, kierowany przez dominikanów. Ostatni franciszkański inkwizytor Dalmacji, Giovanni Doroseo, został wygnany z Szybeniku w 1590por. Antonio Battistella, Notizie sparse sul Sant'Officio in Lombardia durante i secoli XVI e XVII, Archivio Storico Lombardo, vol. 17 (1902), s. 127 przyp. 2.. Franciszkanie utrzymali jednak jurysdykcję nad Istrią, gdzie w połowie XVI wieku utworzony został stały trybunał inkwizycji w Capodistrii, należący do struktur inkwizycji rzymskiej.
Inkwizycja w Albanii 26 marca 1451 katolicki władca Albanii Skanderbeg uznał się za wasala królestwa Neapolu. 22 września tego samego roku papież Mikołaj V wysłał do Albanii franciszkanina Eugenio Somma w podwójnej roli papieskiego nuncjusza oraz inkwizytora Albanii, Serbii i BułgariiWadding, vol. VI, s. 106-108; Lea, s.