W 2008 (po rozpadzie funkcjonującego od 2007 klubu Lewica i Demokraci) zasiadł w klubie poselskim Lewica (we wrześniu 2010 przemianowanym na KP SLD).
Według katalogów opublikowanych przez Instytut Pamięci Narodowej, w 1983 został zarejestrowany przez Służbę Bezpieczeństwa jako TW „Izydor”, następnie pseudonim zmieniono na „Wilhelm”. W składanych kilkakrotnie oświadczeniach lustracyjnych od 1997 Eugeniusz Czykwin stwierdzał, że nie był współpracownikiem tajnych służb PRL. W 2009 prokurator IPN zarzucił mu tzw. kłamstwo lustracyjne. W 2011 Sąd Okręgowy w Białymstoku uznał jednak, że złożył on prawdziwe oświadczenie lustracyjne. W tym samym roku Sąd Apelacyjny w Białymstoku na skutek odwołania wniesionego przez prokuratora IPN uchylił to orzeczenie, przekazując sprawę do ponownego rozpoznania sądowi pierwszej instancji. W 2013 sąd okręgowy ponownie stwierdził prawdziwość oświadczenia lustracyjnego posła, a sąd apelacyjny utrzymał w mocy to orzeczenie.