Po zakończeniu wojny pozostał na emigracji w Szwajcarii. Odbył praktykę zawodową, a w 1950 stworzył samodzielne biuro architektoniczne w Winterthur. Przez lata jego firma tworzyła projekty i realizacje budynków zarówno mieszkalnych jak i użyteczności publicznej, m.in. fabryki, szkoły (łącznie ponad 500). Stworzył system architektoniczny strukturowania powierzchni pod nazwą „PREWI”, które nazwa pochodzi od nazwiska twórcy i miasta zamieszkania.
Z projektów Zdzisława Pręgowskiego powstały: dom studencki oraz kaplica im. 1000-lecia Chrztu Polski w Polskiej Misji Katolickiej w Marly w kantonie Fryburg szkoła w Winterthur-Hegifeld szereg kapliczek w formie pomników ku czci polskich żołnierzy (np. kapliczka Matki Boskiej Ostrobramskiej w Locarno-Orselina) drzwi meczetów w Riyadh i Jeddah (Arabia Saudyjska, 1979) trzy tablice pamiątkowe w bazylice Zwiastowania NMP w Czerwińsku nad Wisłą, honorujące Jana Pawła II, Augusta Hlonda i Stefana Wyszyńskiego oraz prymasów Polski (1979–1981) dwie tablice pamiątkowe powstałe na stulecie Muzeum Polskiego w Rapperswilu