2003 był rokiem kolejnych zmian personalnych z powodu zakończenia się kadencji 8 sędziów: Wojtěcha Cepla, Vladimíra Čermáka, Vojena Güttlera, Pavla Holländera, Vladimíra Jurkę, Vladimíra Klokočkę, Vladimíra Paula i Antonína Procházkę, a Miloš Holeček otrzymał nominację na prezesa Sadu Konstytucyjnego. Natomiast Vojen Güttler i Pavel Holländer (później nominowany wiceprezesem Sądu Konstytucyjnego) otrzymali nominacje 6 sierpnia 2003.
Od 2003 6 sierpnia 2003 prezydent Republiki powołał także obecnego prezesa Sądu Najwyższego Pavla Rychetskiego, a reszta sędziów została sukcesywnie zastąpiona następcami. Funkcje sędziów Sądu Konstytucyjnego objęli wtedy: Dagmar Lastovecká, Jan Musil, Jiří Nykodým, Stanislav Balík, Michaela Židlická i ponownie Ivana Janů. Kolejne braki sędziów były spowodowane wygasaniem ich mandatów. Stało się tak z Evą Zarembovą i Pavelem Varvařovskim. Kolejnym sędzią, który złożył rezygnację był Jiří Malenovský, który został sędzią Trybunału Sprawiedliwości Unii Europejskiej. Braki w składzie personalnymi uzupełniono nominacją Vlasta Formánkovej i Vladimíra Kůrka w 2005.