Epoka kamienia Zbiory epoki kamienia w zdecydowanej większości pochodzą z terenów Wielkopolski. Muzeum posiada także cenne zbiory z epoki kamienia pozyskane z odleglejszych terenów Polski, a także z terenów Francji. Do zbiorów epoki kamienia Muzeum Archeologicznego wchodzą wytwory z gliny, takie jak naczynia gliniane, szpule, łyżki, plastyka figuralna oraz drobne przedmioty związane z tkactwem. Zbiory epoki kamienia to jednak przede wszystkim zbiory kamienne, reprezentowane głównie przez narzędzia rolnicze. W zbiorach znajdują się także spore ilości przedmiotów krzemiennych oraz z kości zwierząt hodowlanych.
Wczesna epoka brązu W zbiorach wczesnej epoki brązu znajdują się przedmioty ceramiczne, przedmioty brązowe, kości, przedmioty z kamienia i krzemienia. Do najcenniejszych zabytków należą przede wszystkim zabytki pochodzące z terenów Wielkopolski, stanowiące wyposażenie grobów oraz eksponaty pochodzące z odkrywanych skarbów.