W czasie swojej pracy sprawował różne funkcje kierownicze. W latach 1989–1993 był prorektorem Akademii Medycznej w Krakowie. Wraz z przywróceniem Collegium Medicum w 1993 został dziekanem Wydziału Lekarskiego. Funkcję tę pełnił do 1996, kiedy to został prorektorem Uniwersytetu Jagiellońskiego i przez trzy lata sprawował nadzór nad Collegium Medicum.
Pochowany z żoną Danutą na Cmentarzu Rakowickim w Krakowie (Kwatera: S, Rząd: zach., Miejsce: przez zamknięcie ścieżki).
Dorobek naukowy Obszar zainteresowań naukowych prof. Stanisława Konturka obejmował badania nad fizjologią i patologią układu pokarmowego zwłaszcza zapalenia żołądka i choroby wrzodowej oraz zakażenia Helicobacter pylori.
Prof. Konturek był autorem bądź współautorem ponad 1300 publikacji, w tym ok. 650 prac naukowych i ok. 100 prac poglądowych, był autorem wielu podręczników akademickich. Indeks h jego publikacji wynosił 60, przy łącznej liczbie cytowań ponad 17 tysięcy.
Był autorem pięciotomowego podręcznika „Fizjologia Człowieka” (I tom: „Fizjologia Ogólna, Krew i Mięśnie”; II tom: „Układ krążenia”; III tom: „Oddychanie, Czynności Nerek, Równowaga Kwasowo-Zasadowa, Płyny Ustrojowe”; IV tom: „Neurofizjologia”;