Protektor Czech i Moraw W trakcie trwania II wojny światowej tracił stopniowo władzę (w tym stanowisko ministra spraw wewnętrznych w sierpniu 1943) na rzecz Heinricha Himmlera. Początkowo był ministrem bez teki, a 20 sierpnia 1943 otrzymał funkcję Protektora Czech i Moraw. Jako taki Frick ponosi odpowiedzialność za ucisk stosowany wobec czeskiej ludności cywilnej, w szczególności za terroryzowanie jej i zmuszanie do pracy przymusowej oraz deportację Żydów czeskich do obozów zagłady i obozów koncentracyjnych.
Proces i egzekucja thumb|Zwłoki Wilhelma Fricka po egzekucji
Po zakończeniu wojny został aresztowany przez aliantów i, jako jeden z głównych sprawców zbrodni hitlerowskich, postawiony przed Międzynarodowym Trybunałem Wojskowym w Norymberdze. W trakcie postępowania sądowego był jedynym oskarżonym, który zrezygnował ze składania wyjaśnień. Trybunał uznał Fricka za winnego zbrodni przeciw pokojowi, zbrodni wojennych i przeciw ludzkości. Został on skazany 1 października 1946 na karę śmierci przez powieszenie.