praca została wydana w 1997). Od 1 lipca 1995 pracował na stanowisku adiunkta. W 2000 uzyskał stopień doktora habilitowanego nauk humanistycznych w zakresie historii średniowiecznej na Wydziale Historii UJ (rozprawa na temat Latyfundium tęczyńskie. Dobra i właściciele (XIV–XVII wiek); wydana w 1999; jej recenzentami byli Stanisław Szczur, Antoni Gąsiorowski i Feliks Kiryk).

Specjalizował się w genealogii, historii nowożytnej, historii średniowiecza oraz naukach pomocniczych historii. Uczestniczył w mediewistycznych międzynarodowych konferencjach naukowych, od 1996 był współpracownikiem Department of Medieval Studies of Central European University Budapest, w latach 1999–2002 i 2003–2006 był członkiem Rady Naukowej Instytutu Historii PAN. Był autorem ponad 140 publikacji naukowych.

Od 1994 do 2009 był redaktorem naczelnym „Zeszytów Historycznych WiN”. W 2003 kombatanci Zrzeszenia „Wolność i Niezawisłość” wybrali go na prezesa Stowarzyszenia Społeczno-Kombatanckiego Zrzeszenie Wolność i Niezawisłość.