thumb|Tablica upamiętniająca Janusza Kurtykę na siedzibie IPN Za rozprawę doktorską został wyróżniony Nagrodą im. Adama Heymowskiego przyznawaną przez Polskie Towarzystwo Heraldyczne (1996) i II nagrodą w Konkursie im. Klemensa Szaniawskiego przyznawaną przez Towarzystwo Popierania i Krzewienia Nauk w Warszawie (1998). Ponadto otrzymał Nagrodę im. Joachima Lelewela (2000) oraz Nagrodę im. Jerzego Łojka (2001). W 2007 tygodnik „Gazeta Polska” przyznał mu tytuł „Człowieka Roku 2006”. 9 czerwca 2010 pośmiertnie uhonorowano go nagrodą Kustosza Pamięci Narodowej.
Upamiętnienie
Januszowi Kurtyce poświęcono tablice pamiątkowe: na Pałacu Konopków w Wieliczce (odsłonięta 13 sierpnia 2010), na elewacji siedziby IPN przy ul. Towarowej 28 w Warszawie (odsłonięta 8 października 2010), w kościele św. Kazimierza w Krakowie (odsłonięta 8 kwietnia 2011), w Węgrowie (odsłonięta 9 kwietnia 2013) w kościele św. Józefa Oblubieńca Najświętszej Maryi Panny w Krakowie (odsłonięta 14 kwietnia 2013).