Naukowe rezerwaty przyrody (rum. rezervații științifice): jest to pięć obszarów o łącznej powierzchni 19379 ha spełniających wysokie normy ochronne, posiadające własne zarządy, stwarzają możliwości prowadzenia badań naukowych i edukacji. Chronią najcenniejsze fragmenty przyrody, a wstęp jest do nich płatny. Odpowiadają kategorii Ia IUCN (ścisły rezerwat przyrody). Kodry (Codru), powołany 1971, powierzchnia 5177 ha Jahorłyk (Iagorlâc), 1988, 863 ha, (na terenie separatystycznego regionu Naddniestrza) Dolny Prut (Prutul de Jos), 1991, 1691 ha Plaiul Fagului, 1992, 5642 ha Pădurea Domnească, 1993, 6032 ha
Park Narodowy Orgiejów (rum. Parcul Național Orhei) powołano w 2013 r. na obszarze 33792 ha. Jest to pierwsza i jedyna forma ochrony tego typu w państwie. W jej granicach znajdują się cenne przyrodniczo lasy Kodrów Orgiejowskich, czy kandydujące na listę światowego dziedzictwa UNESCO stanowisko archeologiczne Starego Orgiejowa.
Pomniki przyrody (rum. monumente ale naturii), których jest 130 (87 geologicznych i paleontologicznych, 31 wodnych, 13 botanicznych). Do tej kategorii prawo mołdawskie zalicza też zagrożone gatunki roślin i zwierząt objęte ochroną (jest ich łącznie 472).