Krwawe rządy spowodowały wzrost poparcia dla opozycji pośród części armii.
Gdy 1 października 1944 roku zamordowany został Alejandro Cordova, redaktor El Imparcial (pisma opozycji) postępowe kręgi wojska zaczęły organizować plan zamachu stanu. Wojskowi spiskowcy rozpoczęli rozmowy z cywilnymi przeciwnikami rządu chcąc rozpocząć powstanie. 19 października grupka oficerów kierowanych przez Francisco Javiera Arana i Jacobo Arbenza Guzmána rozpoczęła antyrządowy pucz. Do puczystów dołączyli następnie cywile w tym studenci i związkowcy oraz część armii. Wraz z postępami puczu skapitulował frakcje wojska lojalne względem reżimu. 20 października Ponce Vaides ogłosił rezygnację i oddał władzę postępowym oficerom. Junta wojskowa została zastąpiona przez tymczasowy rząd w skład którego weszli Arbenz, Arana i cywil z klasy wyższej Jorge Toriello Garrido który wsławił się w trakcie rewolucji. Postępowi wojskowi obiecali otwarte wybory prezydenckie i do Kongresu oraz zwołanie zgromadzenia ustawodawczego. Rezygnacja Ponce Vaidesa i utworzenie rządu tymczasowego zostało uznane za początek procesu rewolucji.