W zamówionej wersji wyposażone są w system pozycjonowania i łączności HIPAP, sonar o dużym zasięgu z syntetyczną aperturą HISAS 1032, wielowiązkową echosondę EM2040 do mapowania i batymetrii, kolorową kamerę UHD z panelem oświetlającym LED, sonar dziobowy do unikania przeszkód i układ nawigacji inercyjnej Sunstone.
Podstawowy układ bojowy okrętów typu Kormoran II stanowi opracowany przez Ośrodek Badawczo-Rozwojowy Centrum Techniki Morskiej system zarządzania walką SCOT-M (Ship Combat Tactical System), umożliwiający integrację podsystemów okrętowych, wymianę informacji z zewnętrznymi systemami dowodzenia i kierowania, tworzenie rozpoznanego obrazu sytuacji taktycznej, przetwarzanie otrzymanej informacji i rekomendację różnych wariantów realizacji zadań, symulację działań oraz ich rejestrację.
Na wyposażeniu jednostek znajdują się instalacje demagnetyzacyjne, dodatkowo okręty mają możliwość przenoszenia dwóch łodzi hybrydowych typu TM-609IB.