Kościół bizantyjski thumb|Pozostałości bizantyjskiej bazyliki w Tas-Silġ W czasach bizantyjskich świątynia została przekształcona w chrześcijańską bazylikę. Bazylika została zbudowana na portykowym dziedzińcu świątyni, który był zadaszony. Kwadratowy budynek miał trzy nawy z apsydą na wschodnim krańcu. Prehistoryczna megalityczna świątynia została ponownie wykorzystana jako baptysterium z chrzcielnicą umieszczoną w środku starożytnej struktury. Kościół, a przynajmniej jego konstrukcja, funkcjonował do VIII–IX wieku. Wokół części stanowiska zbudowano mur obronny z co najmniej jedną wieżą, prawdopodobnie w odpowiedzi na zagrożenie ze strony Arabów. W odpływie chrzcielnicy znaleziono ponad dwieście monet bizantyjskich, pochodziły one począwszy od połowy IV wieku, poprzez reformy Justyniana (538–539), oraz złotą monetę datowaną na rządy Konstantyna IV. Bazylika w Tas-Silġ została rozbudowana, zmodyfikowana i ponownie wykorzystana, aby objąć swoim działaniem ufortyfikowaną osadę połączoną z niżej leżącym portem Marsaxlokk. Ceramiczne szczątki z Tas-Silġ pochodzą z okresu od VI do IX wieku, co świadczy o tym, że port i osada przez stulecia miały powiązania z różnymi częściami Morza Śródziemnego.