W połowie IV w. lub na początku V wieku Oboda została zniszczona przez silne trzęsienie ziemi. Po kataklizmie miasto zostało odbudowane i nadal pozostawało zasiedlone, jednak prawdopodobnie zostało zasilone dodatkową, nową grupą ludności. W mieście zaczęto wznosić kościoły. Bizantyńska Oboda liczyła około 350–400 domów, które były wzniesione na zboczu wzgórza między drogą a akropolem. Wielkość zabudowy pozwala na oszacowanie ludności na około 2–3 tysiące mieszkańców, którzy utrzymywali się z rolnictwa, w tym z hodowli i produkcji wina. Oprócz winogron uprawiano tam także soczewicę, jęczmień i pszenicę.
W roku 620 Oboda została spustoszona przez Sasanidów. Odkopywany przez archeologów teren miasta pokrywał gruba warstwa popiołu, co świadczy o tym, że miasto zostało spalone. Zniszczone po najeździe miasto zostało ostatecznie opuszczone po podboju arabskim w 636 roku.
Współczesność Teren dawnej Obody zostały odwiedzony w 1870 roku przez Edwarda H. Palmera, a następnie w 1902 i 1904 r. przez Aloisa Musila. Pierwszy plan ruin sporządzili w 1904 roku Antonin Jaussen, Rafael Savignac i Luis Vincent. Pierwsze prace na stanowisku prowadzili Leonard Woolley i Thomas Edward Lawrence w 1912 roku oraz Theodor Wiegand w 1916 roku. Kompleksowe wykopaliska rozpoczął w 1958 roku M.