Około roku 1500 karty pergaminowe z Rocznikiem posłużyły za wyklejkę okładziny pewnej książki drukowanej. Wklejono je tekstem do góry nogami. W klasztorze zapomniano o Roczniku. Nie znali go późniejsi kronikarze opactwa lubińskiego – Tomasz ze Zbrudzewa (XVI wiek), Bartłomiej z Krzywinia (XVII wiek) i Stanisław Kieszkowski (początek XIX wieku).
W roku 1834 władze pruskie dokonały kasaty opactwa. Cztery lata później część książek z biblioteki klasztornej przewieziono do Berlina. Zbiór ten przeglądał i katalogował niemiecki uczony Georg Heinrich Pertz, który od 1842 pełnił funkcję dyrektora Królewskiej Biblioteki w Berlinie. Odkrył on Rocznik, odkleił go od starodruku i wpisał na stan biblioteki pod sygnaturą Ms lat. Fol. 321, stąd rękopis Rocznika lubińskiego zwany jest Rękopisem berlińskim.
Podczas II wojny światowej rękopis ewakuowano z Berlina do Tybingi. Przez kilkadziesiąt lat znajdował się w zbiorach tamtejszej Biblioteki Uniwersyteckiej, oficjalnie jako depozyt. Po zjednoczeniu Niemiec rękopis przeniesiono do zbiorów Biblioteki Państwowej w Berlinie, w której przechowywany jest pod dawną sygnaturą.