W latach 1795–1797 organizował we Lwowie cotygodniowe koncerty w ramach założonego przez siebie towarzystwa pn. Akademia Muzyczna. Na program koncertów składały się symfonie Josepha Haydna, Wolfganga Amadeusza Mozarta, Pavla Vranický’ego, koncerty na instrumenty solowe oraz muzyka wokalna; wykonano również 3 symfonie Elsnera, które zaginęły.
Od 1798 roku Elsner nawiązał stosunki z wydawcami za granicą; wydał w Wiedniu u Johanna Traega 3 kwartety smyczkowe du meilleur goüt polonais. W tym samym roku stworzył również Trio B-dur na fortepian, skrzypce i wiolonczelę, opublikowane w Wiedniu pod tytułem Grande Sonate pour le Clavecin avec l’accompagnement d’un Violon et Violoncelle obligé.
W roku 1799 Elsner przeniósł się na stałe ze Lwowa do Warszawy. W 1812 roku przystąpił do Konfederacji Generalnej Królestwa Polskiego.
Do roku 1824 prowadził operę w Teatrze Narodowym, wzbogacając jej repertuar własnymi dziełami (30 oper i 2 balety), a z repertuaru obcego preferując operę francuską. W 1803 roku założył w Warszawie własną sztycharnię nut, która wydawała dzieła kompozytorów polskich.