starał się uchwycić cechy melodyczne i metrorytmiczne polskiej muzyki ludowej, szczególnie jej najstarszych przekazów, a ponadto muzyki ludów słowiańskich w ogóle. Jako kompozytor poszukiwał ideału melodii wypływającej z ducha języka polskiego z uwzględnieniem jego właściwości metrycznych i intonacyjnych. Świadczą o tym dwie rozprawy: Rozprawa o metryczności i rytmiczności języka polskiego i Rozprawa o melodii i śpiewie. Elsner był członkiem honorowym licznych towarzystw muzycznych w kraju oraz lipskiego Musikverein der Universitätskirche St. Pauli. Utrzymywał bliskie kontakty z muzykami i firmami wydawniczymi Francji, Niemiec i Austrii. W 1805 odbył dłuższą podróż artystyczną do Paryża, zatrzymując się po drodze we Wrocławiu, w Lipsku i w Offenbach. W Paryżu wykonano kilka jego utworów fortepianowych oraz kwartet; skomponował tam operę pt. Chimère et réalité do tekstu francuskiego, która została wykonana dopiero w Warszawie (1808) w polskim przekładzie.
Jak wielu wybitnych ludzi tej epoki, był Elsner członkiem masonerii: w 1814 roku został namiestnikiem katedry w loży Świątyni Stałości (Zur Halle der Beständigkeit), w 1820 roku członkiem najwyższej kapituły, a w 1821 roku mistrzem katedry w Świątyni Stałości.