W 1992 r. dokonano jego przekształcenia w spółkę pracowniczą, co nastąpiło z dniem 01.01.1992 r.. Navicentrum jako jedna z pierwszych pracowni projektowych w Europie zaczęła projektować i wprowadzać system pchany, w miejsce holowanego, dla jednostek transportowych śródlądowych, który od przełomu lat 50 i 60 stanowi podstawę eksploatowanych statków w żegludze śródlądowej. W biurze tym od 1958 r. projektowano jednostki wg opracowanego typoszeregu barek motorowych BM-500, a także barek o nośności 660 t. Oprócz wymienionych projektowano także pogłębiarki ssące i kubełkowe, lodołamacze o i inne. W roku 1998 został przekazany do eksploatacji dla Wyższej Szkoły Morskiej w Szczecinie zaprojektowany w Navicentrum statek naukowo–badawczy.
W historii biura powstawały projekty stanowiące podstawę budowy ponad 300 typów obiektów śródlądowych. Biuro współpracowało ze wszystkimi polskimi stoczniami śródlądowymi, a także z niektórymi stoczniami morskimi. Zaprojektowane w Navicenrtum statki budowane były z przeznaczeniem dla armatorów między innymi z Belgii, Egiptu, Holandii, Francji, Niemiec, Nigerii, Norwegii, Wietnamu i inne. Wykonywano także – szczególnie w początkowym okresie działalności biura – dokumentacje remontowe istniejącej floty, oraz opracowywano dokumentacje dla produkcji specjalnej i pokrewnej przemysłowi stoczniowemu.