Kariera trenerska W kwietniu 2012 został asystentem Stevana Mojsilovicia w NK Domžale, a w sierpniu 2013 został szkoleniowcem tego klubu. We wrześniu 2016 został trenerem Olimpii Lublana, podpisując trzyletni kontrakt z tym klubem. W marcu 2017 zastąpił go Marijan Pušnik. W czerwcu 2017 został szkoleniowcem Pafos FC, podpisując z tym klubem kontrakt na sezon z możliwością przedłużenia o kolejny. W styczniu 2018 opuścił posadę. W maju 2018 został trenerem Royale Union Saint-Gilloise, podpisując trzyletni kontrakt z możliwością przedłużenia o rok. W czerwcu 2019 podpisał dwuletni kontrakt z Amiens SC z możliwością przedłużenia o kolejny rok. We wrześniu 2020 został zwolniony ze stanowiska. W styczniu 2021 został trenerem KV Kortrijk, a w październiku tegoż roku objął posadę szkoleniowca Standardu Liège. W czerwcu 2022 został trenerem Le Havre AC, z którym wywalczył w sezonie 2022/2023 awans do Ligue 1. Został także trenerem sezonu w Ligue 2. W kolejnym sezonie wraz z klubem zajął 15. miejsce w Ligue 1, co pozwoliło na utrzymanie w lidze. W czerwcu 2024 podpisał dwuletni kontrakt ze Stade de Reims, jednak w lutym 2025 został zwolniony.
4 czerwca 2025 został trenerem Cracovii, z którą podpisał dwuletni kontrakt.