W październiku, wraz z Shapovalovem i Benjaminem Sigouin, wygrał juniorskie rozgrywki Pucharu Davisa, po raz pierwszy w historii dla Kanady.
Sezon 2016 Auger-Aliassime na kortach French Open osiągnął finał rozgrywek gry pojedynczej, w którym lepszy okazał się Geoffrey Blancaneaux. Kanadyjczyk uległ przeciwnikowi 6:1, 3:6, 6:8.
W lipcu razem z Denisem Shapovalovem osiągnął finał rozgrywek gry podwójnej chłopców podczas wielkoszlemowego Wimbledonu. W meczu mistrzowskim przegrali z Kennethem Raismą i Stefanosem Tsitsipasem wynikiem 6:4, 4:6, 2:6.
Podczas US Open triumfował w zawodach gry pojedynczej, pokonując w meczu mistrzowskim Miomira Kecmanovicia 6:3, 6:0. W rozgrywkach gry podwójnej wspólnie z Benjaminem Sigouinem zostali pokonani przez parę Juan Carlos Aguilar–Felipe Meligeni Alves wynikiem 3:6, 6:7(4).
Sezony 2017 i 2018 Od marca 2017 regularnie startował w turniejach ATP Challenger Tour, zdobywając tytuły w Lyonie i Sewilli na kortach ziemnych. Pod koniec sierpnia odpadł w drugiej rundzie kwalifikacji do US Open.
Rok 2017 zakończył na 162. miejscu w rankingu ATP.