w Paryżu ukończył École nationale des Ponts et Chaussées z dyplomem inżynierskim. Po wybuchu powstania w 1863 roku wrócił do Polski, został (w stopniu podpułkownika) dowódcą oddziału i na jego czele nocą z 14 na 15 sierpnia przeszedł granicę; towarzyszył mu brat, Gustaw Habich. Oddział został rozbity przez Rosjan tego samego dnia, zaś Habich następnego dnia wrócił do Krakowa. W początku października został mianowany komisarzem Rządu Narodowego. Gdy Gustaw 29 października dostał się do niewoli, Habich uwolnił go; bracia zdołali dotrzeć do Francji.
W Paryżu Edward Habich został profesorem mechaniki w Szkole Wyższej Polskiej, następnie zaś jej dyrektorem. Podniósł poziom nauczania, lecz z końcem roku szkolnego 1867/1868 zrezygnował, po czym wyjechał do Peru; było to możliwe dzięki zabiegom Ernesta Malinowskiego, który nakłonił rząd tego kraju do zatrudnienia polskich inżynierów-emigrantów.