W kwietniu 2020 Państwowa Komisja Wyborcza zarejestrowała jego kandydaturę w wyborach prezydenckich zaplanowanych na maj 2020, które to głosowanie się nie odbyło. Kontrowersje wzbudziła kwestia zbiórki podpisów poparcia w trakcie obostrzeń, które funkcjonowały w związku z pandemią COVID-19. W połowie marca 2020 kandydat informował w mediach, że „bieżąca sytuacja uniemożliwia […] zbieranie podpisów pod listami poparcia”, a około tydzień później przekazał, że zgromadził 157 tysięcy podpisów. W Prokuraturze Okręgowej w Warszawie w tym samym roku wszczęto śledztwo w tej sprawie, które w 2023 nadal nie było zakończone. Polityk sam twierdził, że listy mu „przyniesiono” oraz że się „dziwi swojej popularności”.
W czerwcu 2020 PKW zarejestrowała jego kandydaturę na powtórzone wybory w tymże miesiącu. W pierwszej turze otrzymał 33 652 głosy (0,17%), zajmując 8. miejsce spośród 11 kandydatów. Przed drugą turą wraz ze swoją partią poparł ubiegającego się o reelekcję Andrzeja Dudę. We wrześniu 2020 na zjeździe FdR Marek Jakubiak ponownie został wybrany na prezesa tej partii. W maju 2023 został sekretarzem generalnym partii Kukiz15.