1 października 2017 został zawieszony w prawach członka PiS, a 10 dni później wykluczony z klubu parlamentarnego tego ugrupowania. W międzyczasie publicznie wskazał, że prezes PiS Jarosław Kaczyński powinien odejść na polityczną emeryturę. W ciągu kilku poprzednich miesięcy media kilkakrotnie opisywały jego odmienne głosowania niż pozostałych posłów partii. Łukasz Rzepecki w Sejmie wystąpił przeciwko projektowi posłów PiS dotyczącemu wyższej opłaty paliwowej. Później nie zagłosował za ustawami o Krajowej Radzie Sądownictwa i Sądzie Najwyższym, następnie poparł publicznie prezydenckie weta do tych ustaw. Także wbrew swojemu ugrupowaniu opowiedział się za uchyleniem immunitetu Dominikowi Tarczyńskiemu w sprawie z oskarżenia prywatnego ze strony posła PO Marcina Kierwińskiego. Dwa dni po wykluczeniu z KP PiS ogłosił swoje przystąpienie do klubu poselskiego Kukiz’15. Nie wystartował w kolejnych wyborach w 2019.
W październiku 2020 został doradcą prezydenta Andrzeja Dudy. W 2021 powołany w skład prezydenckiego zespołu do opracowania projektu regulacji wprowadzającej instytucję sędziów pokoju oraz na przewodniczącego Rady ds. Młodzieży w ramach Narodowej Rady Rozwoju w Kancelarii Prezydenta RP.