W wyborach parlamentarnych w 2019 z powodzeniem ubiegał się o poselską reelekcję, otrzymując 22 116 głosów. Po tych wyborach pozostał na dotychczasowym stanowisku w MSWiA. W 2021 został powołany na przewodniczącego Komisji ds. wsparcia Rządowego Funduszu „Polski Ład”: Program Inwestycji Strategicznych. W kwietniu 2022 został powołany na stanowisko pełnomocnika rządu ds. uchodźców wojennych z Ukrainy.
W wyborach w 2023 po raz trzeci z rzędu uzyskał mandat poselski, zdobywając 29 764 głosy. 27 listopada tego samego roku został przez prezydenta Andrzeja Dudę powołany na funkcję ministra spraw wewnętrznych i administracji w trzecim rządzie Mateusza Morawieckiego. Sprawował ją do 13 grudnia 2023.
W 2024 z ramienia PiS startował w wyborach do Parlamentu Europejskiego z okręgu nr 13. W październiku tego samego roku wszedł w skład komitetu wykonawczego PiS. W kolejnym miesiącu został ogłoszony szefem sztabu Karola Nawrockiego przed wyborami prezydenckimi w 2025.
Kilka dni po wygranych wyborach Karol Nawrocki zapowiedział powołanie Pawła Szefernakera na stanowisko szefa Gabinetu Prezydenta RP.