W 1866 otrzymał nominację na metropolitę Kos. Dopiero jednak w roku następnym, 10 marca, został wyświęcony na kapłana, zaś dwa dni później przyjął chirotonię biskupią. W marcu 1874 patriarcha Joachim II wprowadził go do Świętego Synodu Kościoła (pozostawał w nim do 1876) i powierzył mu nadzór nad szkołami prowadzonymi przez Kościół. W 1876 został przeniesiony do metropolii Rodos. W 1886 ponownie wszedł do Świętego Synodu. W końcu tego samego roku, mimo młodego wieku, był jednym z poważnych kandydatów do objęcia urzędu patriarchy Konstantynopola po odejściu Joachima IV, ostatecznie jednak wybrany został metropolita nicejski Dionizy. Nowy patriarcha ponownie wprowadził Germana do Synodu. Następnie biskup został przeniesiony na katedrę Heraklionu.
Był najbliższym współpracownikiem patriarchy Dionizego V, gdy ten domagał się zachowania tradycyjnych przywilejów Kościoła prawosławnego w Imperium Osmańskim. W proteście przeciwko polityce państwa względem Patriarchatu Konstantynopolitańskiego w październiku 1890 Dionizy nakazał zamknięcie wszystkich prawosławnych świątyń w Turcji, co skłoniło władze do ustąpienia i potwierdzenia praw Patriarchatu.