Na terenie szkoły obowiązywała reguła monastyczna. W związku z tym naukę w seminarium mogli podejmować jedynie mężczyźni nieżonaci, kapłani lub mnisi. Słuchacze seminarium mieszkali w internacie i tylko okazjonalnie mogli opuszczać teren szkoły. Zdecydowana większość świeckich absolwentów seminarium przyjmowała święcenia kapłańskie; w przeciwnym razie absolwent był zobowiązany do zwrotu kosztów kształcenia. Seminarium na Chalki było jedną z najlepszych pod względem poziomu kształcenia prawosławnych szkół teologicznych na świecie.
Pierwotnie siedzibą szkoły był drewniany budynek podzielony na pokoje profesorów, klasy, biura, siedzibę patriarchy oraz infirmerię. Biblioteka szkolna mieściła się w osobnym murowanym budynku. Pierwsza siedziba szkoły została zniszczona w pożarze w 1894. Nowe obiekty seminaryjne ufundował Paulos Skilitsis Stefanowik, fundator wielu greckich świątyń prawosławnych w Imperium Osmańskim. Szkoła wznowiła działalność w 1896 w nowym, dwupiętrowym budynku, przebudowanym i zmodernizowanym następnie w latach 50. XX wieku. Kompleks seminaryjny otacza ogród zaprojektowany przez metropolitę Wysp Książęcych Doroteusza.