mały|240px|Zespoły występujące w II Lidze w sezonie 2003/2004 Jagiellonia Białystok przystąpiła do rozgrywek II Ligi oraz Pucharu Polski od III rundy. Od sezonu 2003/2004 obowiązuje system licencyjny we wszystkich ligach w Polsce.
II poziom rozgrywkowy Jagiellonia rozpoczęła II ligową batalię serią 8 meczów bez porażki (6 zwycięstw i 2 remisy), takie wyniki nastroiły kibiców optymistycznie, wielu spodziewało się trzeciego z rzędu awansu. Niestety końcówka rundy jesiennej oraz początek wiosennej w wykonaniu białostoczan były słabe, "Jaga" utrzymała się w gronie II ligowców zajmując ostatecznie 9 miejsce. Prawdopodobnie wynik białostoczan byłby jeszcze lepszy gdyby nie wycofanie drużyn KSZO i Błękitnych, wyniki tych spotkań anulowano, a Jagiellonii odjęto 6 punktów.
Nowe władze i rada nadzorcza: szef rady nadzorczej - Wojciech Strzałkowski (MTC Plus), rada nadzorcza – Wojciech Kuryłek (Havo), Piotr Laskowski (BOS), Antoni Piekut (Wersal Podlaski), prezes - Lech Rutkowski, w-ce prezes Wiesław Wołoszyn, z-ca prezesa – Stanisław Bańkowski, oraz Andrzej Wesołowski (BKS) i rzecznik Edmund Burel.