Nowy Pomorski Urząd Wojewódzki rozpoczęto organizować 2 lutego 1945 r. początkowo w Toruniu. 2 marca 1945 r. na szczeblu rządowym zapadła decyzja o przeniesieniu urzędu i dalszej jego organizacji w Bydgoszczy. Decyzję tę motywowano uwzględnieniem dysproporcji potencjału społeczno-gospodarczego pomiędzy oboma miastami, w tym liczby ludności, która miała stanowić zaplecze dla władzy ludowej. Poszczególne agendy urzędu przemieszczano w okresie od kwietnia do lipca 1945 roku. Toruniowi jako rekompensatę zagwarantowano przodującą rolę w zakresie kultury i oświaty na Pomorzu. Znalazło to odzwierciedlenie w lokalizacji kadry byłego Uniwersytetu Wileńskiego w Toruniu w 1945 r.
30 marca 1945 r. dekretem rządu z województwa pomorskiego ze stolicą w Bydgoszczy wydzielono województwo gdańskie, złożone z 6 powiatów oraz terytorium byłego Wolnego Miasta Gdańska. Odtąd województwo pomorskie obejmowało jedynie południową część dawnego „Wielkiego Pomorza” stanowiąc obszar przejściowy między regionami centralnymi (warszawskie, łódzkie), a nadmorskimi. Przez wyłączenie terenów nadmorskich uzyskało ono charakter etnograficzny kujawsko-pomorski.