Oddział miał za zadanie prowadzić obronę przeciwminową i zabezpieczenie komunikacji na Kubaniu i Zatoce Achtanizowskiej oraz wspierać wojska 47. Armii na Półwyspie Tamańskim; działania bojowe oddział prowadził do końca sierpnia 1942.

W lipcu 1942 flotylla składała się z monitora, 8 łodzi kanonierskich, 3 dozorowych okrętów trałowych, 7 uzbrojonych kutrów, 7 kutrów torpedowych, 35 kutrów dozorowych, 9 kutrów trałowych, 23 półślizgaczy, 9 baterii artylerii, samodzielnych dywizjonów artylerii i artylerii przeciwlotniczej, 4 batalionów piechoty morskiej, 2 pociągów pancernych, 44 samolotów.

Flotylla wspierała działania 9., 47., 51. i 56. Armii, uczestniczyła w operacji Kerczeńsko-Fieodosijskiej (25 grudnia 1941 — 2 stycznia 1942), w maju 1942 ewakuowała wojska Frontu Krymskiego z Półwyspu Kerczeńskiego, osłaniała przeprawę wojsk 56. Armii przez Don. Piechota morska długi czas odpierała ataki przeciwnika na Półwyspie Tamańskim.

Flotylla została rozformowana zgodnie z rozkazem dowódcy Floty Czarnomorskiej z 8 września 1942;