Wprowadzony w 2008 „Plan przebudowy Sił Zbrojnych Federacji Rosyjskiej do 2016 roku” oraz „Kierunków dalszego rozwoju do 2020 roku”, zakładał rozformowanie około 117 jednostek organizacyjnych. Zdecydowano się na redukcję powielających się struktur w systemie dowodzenia. W wojskach brzegowych wprowadzono nowe etaty i rozwijano jednostki przyjęte z Wojsk Lądowych. W lotnictwie morskim formowano bazy lotnicze, a część potencjału powietrznego przekazano w podporządkowanie Sił Powietrznych i Obrony Przeciwlotniczej. Ponadto zreorganizowano systemu kształcenia kadr, instytucje centralne oraz system wsparcia i zabezpieczenia. Niektóre komponenty sił morskich podporządkowano dowództwom operacyjno-strategicznym. Flotę Czarnomorską i Flotyllę Kaspijską podporządkowano dowództwu Południowego Okręgu Wojskowego, Flotę Bałtycką dowództwu Zachodniego Okręgu Wojskowego, a Flotę Oceanu Spokojnego dowództwu Wschodniego Okręgu Wojskowego. Z dniem 15 grudnia 2014 Flota Północna uzyskała status okręgu wojskowego.