Pod względem funkcjonalnym dzieli się na: siły nawodne, siły podwodne, lotnictwo morskie oraz wojska brzegowe, w skład których wchodzi artyleria nadbrzeżna (w tym rakietowa) i piechota morska. wojska brzegowe: brzegowe wojska artyleryjsko-rakietowe: transportery BTR-80; kompleksy rakietowe «Redut»; kompleksy rakietowe «Bał-E»; kompleksy artyleryjskie «Bierieg»; samobieżne haubice 2S1 «Goździk». piechota morska. siły nadwodne: lotniskowiec „Admirał Fłota Sowietskogo Sojuza Kuzniecow”; fregaty rakietowe projektu 1135; korwety rakietowe projektu 1234; krążowniki rakietowe projektu 1144; krążowniki rakietowe projektu 1164; niszczyciele rakietowe projektu 956; korwety projektu 11661; małe poduszkowce desantowe projektu 12322. siły podwodne: okręty podwodne projektu 877; okręty podwodne projektu 941; okręty podwodne projektu 949A; okręty podwodne projektu 971. lotnictwo morskie: łodzie latające Be-42; samoloty Tu-142M; samoloty Su-33; śmigłowce Ka-29: samoloty Tu-22M3.
Główny Sztab Marynarki Podlegający dowódcy Główny Sztab Marynarki odpowiedzialny jest za planowanie operacji morskich oraz przygotowanie długookresowych planów rozwoju floty.