W okresie podporządkowania struktur kosmicznych Strategicznych Wojskom Rakietowym nastąpiło ograniczenie rosyjskiej wojskowej aktywności kosmicznej; według danych przytaczanych przez „Kommiersant” liczba wystrzelonych rosyjskich satelitów spadła z 14 w 1997 roku do czterech w 1999 roku, a w 2000 roku z planowanych 24 satelitów systemu GLONASS działało dziewięć. W sierpniu 2000 roku Rada Bezpieczeństwa Federacji Rosyjskiej podjęła decyzję o ponownym wydzieleniu komponentu kosmicznego ze Strategicznych Wojsk Rakietowych.
Wojska Kosmiczne (2001–2011) 24 marca 2001 roku prezydent Rosji wydał dekret nr 337s dotyczący reorganizacji Sił Zbrojnych Federacji Rosyjskiej, zgodnie z którym do 1 czerwca 2001 roku dotychczasowe Strategiczne Wojska Rakietowe miały zostać przekształcone w dwa odrębne rodzaje wojsk: Strategiczne Wojska Rakietowe oraz Wojska Kosmiczne.
Nowo utworzone Wojska Kosmiczne przejęły jednostki odpowiedzialne za wystrzeliwanie statków kosmicznych i kierowanie nimi na orbicie oraz struktury związane z systemem ostrzegania o ataku rakietowym, kontrolą przestrzeni kosmicznej i obroną przeciwrakietową. Pierwszym dowódcą Wojsk Kosmicznych został gen.