Prof. Jacek Wachowski jest członkiem licznych organizacji naukowych, min. Performance Studies International, Poznańskiego Towarzystwa Przyjaciół Nauk, Polsko-Czeskiego Towarzystwa Naukowego, pełni też funkcje społeczne. W latach 2017-20 kierował działalnością Centrum Dialogu Europejskiego w Poznaniu - brał udział w dyskusjach eksperckich dotyczących szkolnictwa wyższego i nauki, a także kultury i dziedzictwa narodowego (był między innymi ekspertem Narodowego Programu Foresight „Polska 2020” i Narodowego Centrum Badań i Rozwoju). Od 2017 do 2025 - przez dwie kadencje - członek Rady Mediów Narodowych (TVP3 Poznań), obecnie wybrany na trzecią kadencję (2025-28). Od 2024 roku pełni też funkcję członka Rady Muzeum Narodowego w Poznaniu (z rekomendacji Ministra Kultury i Dziedzictwa Narodowego).