Wojska niemieckie, które wiosną 1918 r. opanowały całe terytorium Ukrainy, 26 kwietnia wkroczyły od strony Ługańska na terytorium dawnego Obwodu Wojska Dońskiego, zaś 1 maja weszły do Taganrogu. Miejscowi bolszewicy postanowili podjąć próbę obrony Dońskiej Republiki Radzieckiej, chociaż Rada Komisarzy Ludowych zalecała im wycofanie sięP. Kenez, Red Attack..., s. 126.. Ogłosili "wojnę rewolucyjną", planowali obronę Rostowa i masową mobilizację. Nie byli jednak w stanie jej przeprowadzić, gdyż ludność przekonana o rychłym nadejściu Niemców nie słuchała już ich rozkazów.
Podtiołkow wszedł do nadzwyczajnego sztabu obrony republiki razem z Kriwoszłykowem, Sergo Ordżonikidze, I. Doroszewem i W. Kowalowem. Nie zdając sobie sprawy z tego, jak poważna była zmiana sympatii wśród Kozaków w północnej części republiki (antybolszewickie oddziały kozackie aktywnie działały od początku kwietniaP. Kenez, Red Attack..., s. 123.), Fiodor Podtiołkow na polecenie republikańskiego komitetu wykonawczego razem z komisarzem Michaiłem Kriwoszłykowem i 78-osobowym oddziałemJ. D. Smele, The "Russian" Civil Wars 1916-1926. Ten Years That Shook the World, Hurst&Company, London 2015, , s. 66. udał się tam, by organizować nowe oddziały rewolucyjnego kozactwaP. Kenez, Red Attack..., s. 126-127..