Rozród w niewoli i rancza przyczyniają się do ochrony populacji żyjących dziko i w istotny sposób przyczyniają się do sukcesu rozrodczego krokodyli.

Problemy Dobro zwierząt Z kwestią dobra zwierząt wiąże się takie grożące krokodylom choroby, jak wywołana przez Caiman poxvirus, adenowirusowe zapalenie wątroby, mykoplazmoza czy chlamydioza. Krokodyle podlegają też stresowi, przetrzymywane na ograniczonych przestrzeniach takich jak farmy, co przyczynia się do wybuchu chorób. Większość krokodyli utrzymuje temperaturę ciała pomiędzy 28 a 33 °C. Na farmach temperatura ciała osiągać może 36 °C, co wpływa na układ immunologiczny tych zwierząt, zwiększając ryzyko choroby. Problem stwarza także czystość wody w zamkniętych zbiornikachDzoma, B. M., Sejoe, S., Segwagwe, B. V., E. June 2008. .

Szkodniki Wiele farm aligatorów w USA podlega działalności szkodników, dzikich świń.

Choroby Pomiędzy 2001 i 2003 wirus Zachodniego Nilu (WNV) zainfekował i doprowadził do śmierci aligatory amerykańskie w stanach Georgia, Floryda, Luizjana i Idaho, przyczyniając się przez to do strat ekonomicznychMiller et al. 2003, Jacobson et al. 2005, Nevarez et al. 2005. Chorobę przenoszą komary.