Podczas wojny rosyjsko-japońskiej, od czerwca do listopada 1905, hieromnich Warłaam był kapelanem wojskowym, służył w szpitalu polowym w Nikolsku. W 1907 powierzono mu zadanie utworzenia nowego monasteru w Bałcie. Początkowo służył w cerkwi cmentarnej w Bałcie i kierował miejskim przytułkiem dla sierot. Następnie zdołał skupić wokół siebie kolejnych mnichów i od czerwca 1907 był przełożonym monasteru św. Teodozjusza Wielkiego. Od 1908 był również katechetą, a następnie kierownikiem dwuklasowej szkoły. W 1909 otrzymał godność archimandryty.
W 1923 został przełożonym monasteru Przemienienia Pańskiego w Berszadzi. Po dwóch latach został aresztowany przez OGPU, jednak z powodu niedostatecznych dowodów postępowanie karne w jego sprawie zawieszono. 1 sierpnia 1926 został w tajemnicy wyświęcony na biskupa berszadzkiego, wikariusza eparchii kijowskiej. Hierarcha nadal przebywał na terenie monasteru w Berszadzi do 1927, gdy zmuszono go do wyjazdu do Charkowa.