Zainicjował projekt Wrocławskiego Budżetu Obywatelskiego.
W lutym 2014, na skutek zawiązania koalicji w sejmiku województwa pomiędzy Platformą Obywatelską a jego macierzystym Obywatelskim Dolnym Śląskiem, został wicemarszałkiem województwa dolnośląskiego. Jednocześnie zrzekł się mandatu radnego miejskiego.
W wyborach samorządowych w 2014 startował do sejmiku (z listy PO, na mocy porozumienia ODŚ z tą partią). Zdobył mandat radnego, uzyskując 6825 głosów. W grudniu 2014 został wybrany na członka zarządu województwa dolnośląskiego. Podlegały mu departamenty zdrowia i promocji województwa oraz infrastruktury. W marcu 2016 opuścił w sejmiku klub PO, współtworząc klub radnych Bezpartyjni Samorządowcy, który w lipcu tego samego roku przekształcił się w Dolnośląski Ruch Samorządowy, a ten w czerwcu 2018 ponownie w klub BS. W wyborach w 2018 Jerzy Michalak kandydował na prezydenta Wrocławia z ramienia własnego komitetu Bezpartyjny Ruch Obywatelski, zajmując 4. miejsce spośród 10 kandydatów. Startował także do rady miasta, jednak jego komitet pomimo przekroczenia progu wyborczego nie uzyskał mandatów. Funkcję członka zarządu województwa pełnił do grudnia 2018, po czym w lutym 2019 został dyrektorem Dolnośląskiej Instytucji Pośredniczącej.