Systematyka Taksonomia Nazwę zgodną z zasadami nazewnictwa binominalnego ustalił Pieter Boddaert w 1783 roku, który nazwał ten gatunek Corvus yncas. Wcześniej ilustrację przedstawiającą ptaka zamieszczono w książce Planches enluminées d'histoire naturelle, a opisał go m.in. John Latham w 1781 roku, który jednak użył tylko angielskiej nazwy zwyczajowej Peruvian Jay. Jako miejsce typowe Boddaert wskazał Peru, ograniczone przez Johna Zimmera do Chilpes, w regionie Junín.
Etymologia Nazwa rodzajowa jest połączeniem słów z języka greckiego: kuanos – „ciemnoniebieski” oraz korax, korakos – „kruk, wrona” ( krōzō – „krakać”). Epitet gatunkowy odnosi się do plemienia Inków, którzy władali Peru w czasie hiszpańskiej konkwisty.
Podgatunki Wyróżnia się 12 lub 13 podgatunków modrowronki zielonej, dzielonych na dwie grupy uznawane niekiedy za oddzielne gatunki: