W pierwszej połowie XVI wieku Ciołkowie odsprzedali majątek biskupowi krakowskiemu i kanclerzowi wielkiemu koronnemu Samuelowi Maciejowskiemu. Wiek później do Żelechowa zaczęli się sprowadzać Żydzi(). Żelechów należał wtedy do rodziny Leżeńskich, a później Dobrzynieckich. W związku ze sprzyjającymi hodowli bydła i owiec warunkami naturalnymi i przywilejami w Żelechowie rozwijało się garbarstwo, kuśnierstwo, rymarstwo i szewstwo. W wyniku zniszczeń i strat ludności związanych z potopem szwedzkim i wojnami północnymi rozwój miasta został zahamowany().
W 1669 roku miasto zostało nabyte przez Jana Linkhauza, chorążego orwuckiego, on też rozpoczął budowę kościoła parafialnego. Poprzedni, drewniany kościół spłoną w pożarze miast 2 maja 1692 roku. Spłonęło prawie całe miasto, a także dokumenty miejskie i akty fundacji i erekcji parafii(). Kolejnym nieszczęściem był wybuch III wojny północnej. Aby pomóc miastu się odbudować, w 1703 roku August II potwierdził stare przywileje i nadał 6 jarmarków. W 1761 roku August III ustanowił kolejne dwa. Kolejnym właścicielem Żelechowa w 1707 roku został Stanisław Rzewuski, a później jego syn Wacław, który rozpoczął budowę kościoła filialnego. Druga połowa XVII wieku była okresem rezydowania w Żelechowie Lubomirskich, to oni rozpoczęli budowę istniejącego do dziś pałacu.