Ustanowienie Archidiecezji Malty thumb|left|Anglikańska prokatedra św. Pawła w Valletcie Zgodnie z tradycją, Publiusz, rzymski gubernator Malty w czasie, gdy statek apostoła Pawła uległ katastrofie, po nawróceniu się na chrześcijaństwo, został pierwszym biskupem Malty. Po przewodzeniu kościołowi na Malcie przez 31 lat, Publiusz został w 90 r. przeniesiony do Aten, gdzie zginął śmiercią męczeńską w 125 r. Istnieją skąpe informacje na temat ciągłości chrześcijaństwa na Malcie w kolejnych latach, choć tradycja głosi, że istnieje ciągła linia biskupów od czasów apostoła Pawła do czasów cesarza Konstantyna. Akta Soboru Chalcedońskiego podają, że w 451 r. niejaki Achacy (Acacius) był biskupem Malty (Melitenus Episcopus). Jest również wiadomo, że w r. 501 niejaki Konstantyn (Constantinus), Episcopus Melitenensis brał udział w II Soborze Konstantynopolitańskim. W 588 r. Tucillus, Miletinae civitatis episcopus, został usunięty z funkcji przez papieża Grzegorza I, a jego sukcesor Trajan został wybrany przez duchownych i ludność Malty w 599 r. Ostatnim notowanym biskupem Malty przed inwazją arabską był Grek imieniem Manas, który następnie został uwięziony w Palermo na Sycylii.