Działalność opozycyjna Dziennikarz jest znany z zaangażowania w różne inicjatywy obywatelskie. W 1994 należał do grona założycieli Moskiewskiej Karty Dziennikarzy. W 2004 znalazł się komitecie, który działał na rzecz utworzenia "alternatywy demokratycznej" w obliczu nadchodzących wyborów prezydenckich w 2008. Wiosną 2010 Parchomienko organizował pierwsze publiczne wystąpienia Towarzystwa Niebieskich Wiader, które próbowało się przeciwstawić uprzywilejowanej pozycji w ruchu drogowym samochodów należących do elity politycznej.
W latach 2011–2013 Parchomienko należał do grona organizatorów protestów obywatelskich. W 2012 został wybrany członkiem Rady Koordynacyjnej Opozycji Rosyjskiej. Założona przez niego Liga Głosujących zasłynęła z akcji składania pozwów sądowych przeciwko nadużyciom wyborczym władz rosyjskich.
Wspólnie z Andriejem Rostowcewem, Andriejem Zajakinem i Michaiłem Gielfandem zakładał internetową społeczność Dissernet, ujawniającej plagiaty w nauce rosyjskiej, które stały się podstawą do nadania stopni naukowych.