Monaster stał się ważnym centrum życia religijnego kosowskich Serbów.
W 1999 mnich z klasztoru, Charyton, został porwany i zamordowany (jego zwłoki, z odciętą głową, znaleziono rok później). Po uprowadzeniu mnicha pozostali mieszkańcy monasteru wyjechali z niego. Grupa mnichów wróciła do klasztoru po przybyciu na miejsce sił KFOR, które zajęły się ochranianiem obiektu.
Monaster został spalony podczas zamieszek w Kosowie w 2004, gdy kosowscy Albańczycy uszkodzili wszystkie prawosławne świątynie w Prizrenie. Nowy budynek klasztorny oddano do użytku w 2013.
Klasztor posiada w Serbii status zabytku o szczególnym znaczeniu (wpisany do rejestru w 1948).
Architektura mały|Ruiny klasztoru Monaster Świętych Archaniołów zajmuje obszar 6500 metrów kwadratowych. Otoczony jest murami obronnymi i połączony z twierdzą Višegrad wzniesioną w celu obrony klasztoru w razie wojny.
W kompleksie zabudowań monasteru znajdowały się: główna cerkiew, cerkiew św. Mikołaja, budynki mieszkalne, biblioteka, infirmeria i refektarz.